В ноябре 1853 года началась война с Турцией. Годы Крымской войны сказались на жизни школы: хотя занятия не преры­вались, систематичности в них не было. Предписанием ко­мандующего русскими войсками князя Меньшикова было указано на необходимость вывоза из города в целях безопасности книг, денег, ценного имущества. Среди жителей города началась паника, она усилилась 19 января 1854 года, когда в Феодосийской бухте появилось четыре неприятельских военных корабля. С этого дня начались массовые выезды жителей, и число учеников значительно сократилось.

Тревожное время отразилось на жизни учителей. Особенно тяже­лыми были январь и февраль 1855 года, когда феодосийское казначейство не выдало денег. Учебная деятельность в это время пришла в упадок.

После Крымской войны в училище прекратилось преподавание греческого и татарского языков. Преподавание этих языков было заменено изучением французского и итальянского языков, полезных для Феодосии, как для торгового города.

Реформы императора Александра II заметно отразились и на жизни школы. В феодосийском уездном училище с целью достижения просве­тительных задач открыли библиотеку для всеобщего пользо­вания. Это послужило толчком для создания в городе общественной публичной библиотеки.

Педагогический совет училища в это время серьезно исследовал вопросы учебно-воспитательной и педагогической жизни школы: вы­ясняли причины низкой успеваемости, улучшали преподавание пред­метов. Решались и дисциплинарные вопросы. Совет рекомендовал моральные меры воздействия, исключая физические наказания. Реко­мендовалось завести дневники, чтобы родители имели возможность следить за поведением своих детей и таким образом оказывать по­мощь училищу.

За 49 лет существования трехклассного училища цветущим пери­одом в его жизни можно назвать время с 1858 по 1882 год, когда штатным смотрителем состоял Ильяшенко. Его преемником стал штатский смотритель Перекопского учи­лища В. П. Штраумберг, при котором феодосийское уездное училище и закончило свое существование, став городским.

В начале 1885 года феодосийская городская дума возбудила хо­датайство о преобразовании местного уездного училище в городс­кое. Это ходатайство было удовлетворено в этом же году, и 26 мая 1885 года уездное училище произвело последний 73-й вы­пуск, состоявший из 17 учеников.

В 1911 году в связи со столетием основания школы учителем-инспектором Феодосийского училища было подано прошение о при­своении училищу имени цесаревича Алексея. Это прошение было удовлетворено.