Учебный день делился на две части: утром с 9.00 до 12.00 и после обеда – с 14.00 до 17.00. Преподавание всех предметов в каждом классе поручалось одному учителю. Особое место отводилось обучению началам морали. Несколько позже, с 1 ноября 1811 года, было введено преподавание французского и немецкого языков. Учителя вели учет и давали месячные отчеты о способностях, прилежании и поведении учащихся. Способность оценивали тремя характеристиками – «туп», «понятлив», «остер»; прилежание – «нерадив», «посредственен», «примерен»; поведение – «резв», «исправен», «добронравен».

Не все родители одинаково ответственно относились к обучению детей. Посещаемость была не очень хорошей, ученики пропускали отдельные уроки. Многие учащиеся, в основном дети военных выбывали посреди учебного года, некоторые вообще прекращали занятия и продолжали обучение с домашним учителем. Для борьбы с этим явлением Министерство народного просвещения издало циркуляр, в котором рекомендовалось «употребить всемирное старание к отвращению злоупотреблений родителей». В циркуляре также указывалось, что дети, прошедшие домашнее обучение, после ухода из училища нигде в России в другом училище и «в Государственную службу приняты быть не могут».

15 апреля 1812 года распоряжением Министерства по ходатайству Харьковского университета было открыто Феодосийское уездное училище. Начальное же училище осталось в виде приходского.

При испытаниях учеников приходского училища сформировался первый класс уездного, в состав которого вошло 15 учеников. Большая часть учеников были дети военных, несколько меньшая – дети чиновников и только двое – сын купца и сын солдата; иначе говоря, школа обслуживала интересы семей военных, так как коренное население было незначительным и состояло из татар, армян, греков, совершенно не знавших русского языка, что помимо других причин не давало доступа в школу, которая так или иначе требовала знания русского, необходимого для прохождения курса училища.

Занятия проводились до 1 июля, а с 1 августа того же года начинался новый учебный год, так как каникулярное время по уставу этих училищ, как и гимназий, продолжалось только один месяц: июль был «временем роздыха».

В училище был Устав, в котором определялись следующие цели: приготовить юношество для гимназии, если бы родители захотели дать детям лучшее воспитание и образование; создать детям разных сословий необходимые условия для получения знаний.